Ben Lamm co-founded Colossal Biosciences to address the alarming trend of biodiversity loss, aiming to resurrect extinct species like the woolly mammoth, Tasmanian tiger, and dodo to reintroduce them into the wild and restore ecosystems. The company also seeks to apply its technologies to human health and conservation.
Colossal Biosciences' approach differs from Jurassic Park by focusing on understanding and selectively engineering genes into living species, rather than filling gaps in ancient DNA with other species' DNA. They use comparative genomics and AI to identify key genes and make precise edits, avoiding the flawed methods depicted in the film.
Colossal Biosciences plans to resurrect the woolly mammoth by using CRISPR and other genetic engineering tools to edit the genome of Asian elephant cells, targeting specific genes responsible for traits like cold tolerance, fat, hair, and curved tusks. They aim to create a hybrid that resembles the mammoth.
Colossal Biosciences has announced three species for de-extinction: the woolly mammoth, Tasmanian tiger, and dodo. They have made progress in sequencing genomes and editing genes, but the process is still in vitro, and no living hybrid has been produced yet.
AI is integral to Colossal Biosciences' research, assisting in comparative genomics and selecting the most efficient genetic editing tools. They use AI models to predict the best tools for specific edits, reducing time and cost in the research process.
Colossal Biosciences faces challenges such as regulating proteins like P53 in elephant cells to prevent cancer, optimizing cell culture conditions, and ensuring precise genetic edits without off-target effects. They also need to balance the complexity of multiplex editing with the limitations of current technology.
The Tasmanian tiger genome is 99.9% complete, making it one of the most complete ancient genomes sequenced. This high level of completeness allows for more precise genetic engineering and a better understanding of the species' traits, which is crucial for de-extinction efforts.
萨姆·哈里斯与本·拉姆讨论他在Colossal Biosciences的工作。他们讨论了他复活毛象、塔斯马尼亚虎和渡渡鸟的努力;Colossal的方法与侏罗纪公园的区别;复活猛犸象的细节;这项工作与人类健康的相关性;人工智能的作用;将猛犸象、塔斯马尼亚虎和渡渡鸟重新引入野外;进行物种复活的环境和商业案例;以及其他主题。如果您播放器中的Making Sense播客徽标是黑色的,您可以订阅以访问所有完整的剧集,网址为samharris.org/subscribe。学习如何训练你的思维是你一生中最大的投资。这就是萨姆·哈里斯创建Waking Up应用程序的原因。从理性的正念练习到生活中一些最重要主题的课程,加入萨姆,他将揭示冥想的实践并探索其背后的理论。</context> <raw_text>0 欢迎来到Making Sense播客。我是萨姆·哈里斯。只是想说,如果你听到这个,你目前并不在我们的订阅者频道上,只会听到这次对话的前半部分。要访问Making Sense播客的完整剧集,您需要在SamHarris.org上订阅。在那里,您会找到我们的私人RSS源,可以添加到您最喜欢的播客应用程序中,以及其他仅限订阅者的内容。
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他还是Colossal Biosciences的联合创始人兼首席执行官,这是一家他与生物学家乔治·丘奇共同创办的公司,旨在复活毛象、塔斯马尼亚虎和渡渡鸟等灭绝物种,并计划将它们重新引入野外。本还是探险家俱乐部的会员,并在行星社会的科学顾问委员会任职,但我们主要关注他在Colossal的工作。
我们讨论了他们的方法与侏罗纪公园的区别,复活猛犸象和其他物种的细节,这项工作与人类健康的相关性,人工智能在其中的作用,重新引入猛犸象、塔斯马尼亚虎和渡渡鸟回归野外所需的条件,进行这项工作的环境和商业案例,以及其他主题。无论如何,未来似乎即将到来。现在我带来本·拉姆。我和本·拉姆在一起。本,谢谢你加入我。
非常感谢你邀请我。所以我们将讨论你在Colossal生物科技公司所做的一些惊人工作。但在此之前,你如何总结你目前的职业和兴趣?给我一个简短的个人简介,让我们进入正题。嗯,我绝对是个无止境的好奇者。因此,我总是,你知道,我并不是真正的技术专家。我并不是真正的工程师。
我试图从系统设计的角度看待事物,并且我总是对事物的运作方式和改进方式感到着迷。我总是喜欢寻找新的、有趣的项目。因此,我从移动游戏开始,那个时候还没有那么流行。我构建了一些大型语言模型的前身,当时我们实际上称之为对话操作系统。我的上一家公司实际上是卫星软件和国防公司。因此,我们实际上构建了一个共同的操作图景,以理解和跟踪天空中的一切
从低地球轨道一直到海面,并与美国空军、太空军及一些全球合作伙伴密切合作。然后我遇到了乔治·丘奇。你知道,我实际上是偶然进入了物种复活。我联系了他,因为我很好奇,我认为合成生物学、人工智能和计算生物学与量子技术的交集(我听说每两年就会有新的突破)最终会赋予我们工程生命的能力,并在一个前所未有的规模上进行定向进化,以促进人类的进步。因此,我对那里的机会感到非常兴奋。然后我问乔治这个问题,我说,如果你有一个项目,
可以无限制地投入资金,你可以专注于你余生的项目,那会是什么,乔治?
我不知道我会从乔治那里得到什么。是去另一个星系还是其他什么?他的反馈是,我会复活毛象,并帮助将它们重新引入生态系统,以帮助生态系统的生物多样性,同时开发人类医疗保健和物种保护的技术。在那一刻,我被深深吸引了。嗯,是的。乔治是一位非常出色的科学家。我见过他
我想可能只是在一次或两次会议上,但他还在哈佛吗?他还在哈佛。所以我确实能够占用他相当多的时间,但我们与哈佛和他共同创办的一些其他项目共享他的时间。所以公司的全名是Colossal Biosciences吗?没错。那么你们在Colossal做什么?
是的,所以我们决定要建立世界上第一个物种复活和保护公司。因为如果你看看这些统计数据以及我们看到的生物多样性丧失的趋势线,以及对生态系统可能产生的影响,尤其是从关键物种的角度来看,这非常可怕。当我们开始这家公司时,我们的初始提案中,所有我们能找到的数据都显示
如果没有大规模的人类干预或大规模的新技术,我们可能会在2050年前失去多达15%(1.5%)的生物多样性。可怕的是,到2024年,这个数字已经提高到50%(5-0)。所以这不是一个很好的趋势线。因此,乔治有这个愿景,我觉得我只是一个管理者和助手,我们可以建立一家公司,能够一方面构建能够
复活失落物种的工具和技术,同时将这些技术和创新应用于保护,将其免费提供给世界。而所有这些物种都有直接的应用,这些技术如基因工程等,也可以应用于人类医疗保健。因此,我们真的有这个有趣的机会来建立一家公司,希望能够激励人们,创造真正的影响,同时在这个过程中创造巨大的价值。那么你们首先关注哪些物种?
所以我们今天宣布了三种物种。毛象,乔治在我出现之前实际上已经研究了大约八年,收集了西伯利亚的样本,进行大象的计算分析。塔斯马尼亚虎,也称为袋狼,因人类狩猎于1936年在塔斯马尼亚和澳大利亚南部灭绝。澳大利亚政府实际上对消灭该物种设定了赏金。然后...
我们想要一种鸟类物种。我们想招募贝丝·夏皮罗,她是我们的首席科学官。因此我们选择了渡渡鸟,因为没有比渡渡鸟更具标志性的物种象征物种复活了。那么这与侏罗纪公园有什么不同?我认为在你引入猛犸象之前,没有人会真正将其与侏罗纪公园联系在一起,突然间我们在谈论魅力巨型动物,并希望能有一只霸王龙。
这种愿景在多大程度上影响了你对这项工作的热情?显然,将动物重新引入野外与建立主题公园之间是有区别的。
你是说,侏罗纪公园对你来说是一个形成性的想法,还是你是通过不同的路径到达现在的位置?所以我们经常会被问到侏罗纪公园的问题,正如你可能不会感到惊讶的那样。有时当我上台演讲时,他们会播放音乐。你知道,我们见过每一个带有乔治或我脸的表情包。因此,我们听过一两次这个问题。
乔治会告诉你,我认为乔治和我对此有稍微不同的看法。乔治会告诉你,以一种奇怪的方式,他认为迈克尔·克赖顿实际上是受到启发的,而侏罗纪公园实际上是受到他的启发,因为如果你去看看原版侏罗纪公园小说,实际上在作品的早期就有一个DNA序列,而它实际上是乔治的工作,只改变了一个字母。乔治会争辩说,从统计上讲—
这仍然是剽窃。是的,乔治喜欢克赖顿的许多小说,对吧?他是一位非常鼓舞人心的作家。但是乔治会告诉你,他笑着说,也许我启发了侏罗纪公园,因为他在酵母中的许多原始工作实际上出现在书中。从我的角度来看,你知道,成长于80年代,80年代和90年代的孩子,
我喜欢科幻小说。我喜欢侏罗纪公园。这并不是我进入这个领域的原因,但这确实使我更容易与人们建立联系,因为即使我们有关于Colossal与侏罗纪公园的表情包和所有笑话,至少侏罗纪公园,这部反乌托邦电影,至少教会了人们有一种叫做DNA的东西,还有一种叫做基因工程的东西。因此,爱荷华州的妈妈们知道有能力
操纵基因组,因为有“DNA先生”,对吧?因此,我们很多时候将侏罗纪公园作为一个例子,说明我们是如何完全相反地做的,意味着我们并不是试图用青蛙或其他东西填补古老DNA中的空白。我们试图真正理解基因组,以便我们可以选择性地选择我们想要工程化的基因,然后将其引入
活体物种中。因此,这几乎就像是反向侏罗纪公园。当我们向普通公众以及一些记者解释这个过程和科学时,他们真的能与之产生共鸣。因为我认为那部电影确实是与正确的技术和正确的故事在正确的时间相结合,真正与人们产生了联系。
所以让我们再回顾一下那些细节。那么在侏罗纪公园中,提出的科学、生物工程基础是什么?你们究竟在做什么,关于古基因组学,走出去获取DNA样本,无论保存得多么不完美?
并将它们与活体物种整合。你们的方法是什么,与被提议的有什么不同?我已经很久没看过这部电影了。我实际上从未读过小说。我不知道电影是否在逻辑上偏离了小说。我对...
克赖顿在分子生物学方面可能犯的任何错误一无所知。那么那里提出的是什么,你们实际上在做什么?在侏罗纪公园中,他们提出你会去寻找琥珀的碎片,顺便说一下,琥珀是一种非常多孔的材料。它不是一个好的DNA存储库。并不是说我们尝试过。
但然后在琥珀中,魔法般地,你会得到被困了超过6500万年的昆虫,特别是蚊子。虽然这是真的,但没有来自那里的DNA。正如我提到的,琥珀是一种非常多孔的材料。它不是一个好的DNA存储库。通常,对于我们来说,古代DNA的最佳存储地点是寒冷、干燥的地方。因此,死去的动物在一个非常干燥的洞穴中,保持一致,没有其他动物在里面,
这对我们来说是最优的。因此,他们会从生活在1亿年前的蚊子中提取DNA,并且在电影中提取实际的血液,这也是不可能的。然后他们会使用计算机,这与我们所做的非常相似,我会详细说明,然后填补古代DNA的空白,因为古代DNA是非常、非常破碎的,使用的是...
在电影中,青蛙DNA,以及其他许多东西。但问题是,第一,没有古代恐龙DNA。你知道,我们能够收集到的最古老的DNA是超过100万年。虽然有一些片段和东西更古老,但你知道,在大多数情况下,我们的工作是在数千年和数万年之间,而不是在数百万年之间。因为DNA会迅速降解。它一离开你的身体就开始分解。因此,当你叠加辐射、
热量、酸化、其他动物的排泄、其他动物的死亡在上面时。它开始分解,并且也会受到严重污染。此时它并不是真正的内源性,对吧?因此,我们所做的是,而不是去拿一堆不同的猛犸象的碎片,组装起来并说缺少什么,如何用青蛙或大象DNA来填补,我们几乎是完全相反地做的。
所以我们做的第一件事是,我们出去查看系统发育。因此,在我们都在科学教科书和今天互联网上看到的生命树上,我们说,什么是与猛犸象最近的活体亲属?实际上是亚洲象。它的基因组相似度为99.6%。实际上,它在基因上比亚洲象更接近亚洲象,而不是非洲象。这是一个有趣的聚会小知识。
然后我们花了很多时间进行比较基因组学,真正使用一堆软件,使用人工智能,一些我们的自定义模型来理解从非洲象到亚洲象的差异是什么?从种群水平的差异是什么?因此,我们实际上对许多不同的亚洲象进行了测序。那么,真正的亚洲象与这些基因组中的种群多样性有什么不同?因为并非所有基因组显然都是彼此的精确副本。然后我们如何将其与猛犸象进行比较?
然后我们可以识别出,好的,这些基因组中哪些区域是截然不同的?我们从科学研究、其他同行评审的论文、实际进行分子和功能测定、实际培养干细胞并测试我们的假设中知道这些。你必须做很多工作,然后才能验证我们认为使猛犸象成为猛犸象的核心基因,以便
我们可以将它们工程化到亚洲象细胞中。这不仅仅是拿一些片段并将其推入其中。这实际上是改变现有的代码。因此,我们根本不需要这些DNA的长期片段。我们不需要所有这些死样本。我们只需要计算机中的代码。那么我们是否拥有完整的毛象基因组?这是否是一个有争议的问题,还是我们获得了足够完整的样本,以至于
我们只知道我们拥有完整的猛犸象基因组?我们有足够的样本。因此,我们有大约65个猛犸象基因组。大多数尚未发表。大多数是西伯利亚和俄罗斯的猛犸象样本。我们现在也在与阿拉斯加的猛犸象进行大量工作。我们与全球约17所大学合作,其中之一是斯德哥尔摩大学和卢瓦·达林的工作。卢瓦可以说是世界上第一位猛犸象研究者。因此,我们已经收集了他所有不同的样本,差不多有70万年的...
差异,以填补这一空白。但我们拥有足够的蛋白质编码区域,以及哥伦比亚猛犸象、阶梯猛犸象和其他猛犸象。我们有一篇很酷的论文,我希望明年中期能发表,展示我们知道的猛犸象基因组的比较基因组学,我们可以识别出与寒冷耐受性、脂肪、毛发、弯曲的象牙相关的核心区域。因此,我们实际上有足够的材料来进行我们的工作。它并不像我们的袋狼基因组那样完整,
我们最近宣布其99.5%完整,或者说99.9%完整,这对于任何基因组来说都是非常不可思议的,更不用说古代DNA了。那是塔斯马尼亚虎吗?没错。那么你们是否使用CRISPR技术将猛犸象的代码插入亚洲象的受精卵,或者说产生活体猛犸象的步骤是什么?是的,所以我们从亚洲象细胞开始,对吧?我们实际上花了很多时间
来调整培养条件,实际上使这些细胞不朽。你知道,在我们进入基因工程方面之前,有趣的是,关于大象和蓝鲸以及其他一些物种,它们实际上在癌症方面的发生率远低于我们,基于它们的年龄和体重。领先的理论是,我们在实验室中也看到这一点,他们对一种叫做P53的蛋白质的过表达,
大约是我们在小鼠中所拥有的七倍。更有趣的是,我们实际上必须学习如何调节这一点,因为每当我们去进行这些更改时,细胞就会衰老。因此,我们不仅必须构建不朽化构造,以保持细胞的生长、存活和健康,我们还必须弄清楚如何“降低”P53的表达,以便我们可以编辑细胞,然后能够将其调回,因为你不想在大象中产生癌细胞,对吧?因此,在我们甚至能够进行工程之前,有很多准备工作。而且,正如你可能猜到的,由于你在科学方面的深厚背景,CRISPR已经成为所有基因工程的一个通用术语。他们会说,哦,这只是CRISPR,对吧?我们只是用CRISPR来处理。但有趣的是,我们使用了一系列工具,其中一些是专有的,有些是
由其他组织和大学发明的,然后我们在其上叠加新技术。因此,在某些情况下,我们正在改变单个核苷酸,即双螺旋上的单个字母。在其他情况下,我们正在敲除某些基因。在其他情况下,我们实际上是在合成大块DNA,如果在某种链上有一堆变化,
对我们来说,合成该块、敲除该块,然后插入这个新块是更有效的,这样你就有更少的可能性出现脱靶效应或意外后果。我想说,我们在编辑方面的最后一件事是,我认为这使我们在基因组学方面与众不同的事情是,我们试图成为
多重编辑的最大先驱,意味着同时在整个基因组上进行编辑。因此,不是进行一次编辑,也许可以进行20次编辑、50次编辑、1000次编辑,所有这些都具有很高的效率,而不必合成整个巨大的块。我相信这项技术会到来,能够在某个时候合成完整的染色体。但我们作为人类还没有达到那个水平。因此,编辑...
是我们正在追求的最有效的当前模式。那么,这实际上在技术上何时变得可行?我想,你知道,人们从80年代开始就一直在谈论CRISPR,某种形式的基因工程,对吧?但就像,
我不记得确切的年份,但大约是2012年、2014年,某个时候,我们真正发现了CRISPR的概念,以及你可以成功地瞄准基因组的一部分,敲除它并让它自我修复的想法。我认为从那时起,你看到了大卫·刘的工作,关于prime和base编辑的工作,你可以改变单个字母。你看到了这种像
前寒武纪大爆炸一样的,使用一些侏罗纪的有趣术语,基因工程工具和技术的爆炸。因为我们都被80年代和90年代承诺过基因疗法和基因工程能力,允许我们做各种从未真正实现的事情。但我认为在过去的10年中,这些技术才真正变得可行。
我不相信在2012年、2015年之前的那段时间,像那样的CRISPR竞赛,与你知道的方和詹妮弗·杜德纳等人,都是乔治等人,都是杰出的科学家。我不相信这会是一个可行的事业。现在在那之后,它变得可行,但你知道,你仍然需要计算机,仍然需要人工智能。还有很多其他组成部分。
这变得非常昂贵。真正使这成为可能和可扩展的目标,我认为我们仍然有点早,但我们处于能够真正交付的正确五年内。那么人工智能是这个过程的必要组成部分吗?
是的,我们每天都在学习如何应用这些技术。你知道,我的背景主要是在软件方面,对吧?因此,我们每天都在寻找新的方法来应用这些技术。就像我们实际上构建了一个内部工具,我们一直在给它这个反馈循环。因此,我们构建了一个很酷的小模型,可能不适用于大多数人。但对我们来说,我们发现这很有趣。它实际上会给我们提供超过90%准确的推荐,告诉我们应该使用哪个工具来
进行我们正在追求的特定编辑。这在生物学中是很棒的,因为如果你要进行编辑,你然后必须查看该编辑是否有效。然后你必须培养这些细胞。这些细胞必须存活。然后你必须对这些细胞进行测序。如果你没有内部测序核心,可能需要几周的时间才能获得数据。因此,如果你使用错误的工具进行了错误的编辑,或者至少是最有效的工具,反馈循环可能会导致几个月的科学实验时间损失,这在市场推广和研究方面都是昂贵的,以及你必须使用的所有试剂和材料,对吧?
因此,我们现在不仅在比较基因组学中使用人工智能,甚至在选择我们应该使用的编辑工具方面,也在进行我们试图追求的编辑工作。
那么你们现在取得了多大进展?我现在不是仅仅询问猛犸象,但你可以谈谈渡渡鸟或塔斯马尼亚虎或你们实验过的任何其他东西。你们在实验室中生产了什么?一切仍然是在体外吗?还是你们有一只怀孕的亚洲象,给她起了个名字?不幸的是,没有秘密的怀孕亚洲象猛犸象。我会是第一个。如果有的话,我会非常兴奋地与你分享。
因此,物种复活是一个系统性问题,对吧?有计算分析工作。有H&D。如果您想继续收听此对话,您需要在SamHarris.org上订阅。一旦您订阅,您将获得访问Making Sense播客所有完整剧集的权限,以及其他仅限订阅者的内容,包括额外剧集和问答,以及我在Waking Up应用程序上进行的对话。Making Sense播客是无广告的,完全依赖听众的支持。
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